מוזיאון נחום גוטמן לאמנות נפתח במאי 1998 על-ידי העמותה על-שם הצייר נחום גוטמן וקרן תל אביב לפיתוח.
אוסף המוזיאון נתרם כולו על-ידי משפחת האמן במטרה להאיר את דמותו הרב גוונית של נחום גוטמן כצייר, מאייר, פסל וסופר-ילדים ולאפשר לציבור לראות ולהכיר את מכלול יצירתו.
מנהלו הראשון של המוזיאון ומייסדו היה האוצר והכותב יואב דגון ז"ל.
הבניין שבו ממוקם המוזיאון הוא בניין היסטורי שנבנה ב-1887 והיה אחד מבתיה הראשונים של שכונת נווה צדק. נחום גוטמן מעולם לא גר בבניין זה ממש, אלא ברחובות סמוכים באותה שכונה: בבית הספר לבנות בו כיהן אבי המשפחה כמורה (היום מרכז סוזן דלל) וברחוב בוסתנאי.
בשבע השנים שבין 1907 ל-1914 איכלס הבניין את מערכת העיתון "הפועל הצעיר" שיוסף חיים ברנר היה אחד מכותביו. הבניין שימש גם כבית מגורים לעורכי העיתון, וכך זכה לאכלס בין כתליו את מיטב הסופרים שהזדהו עם העמדות הפרולטריות של העיתון הפועלי: דבורה בארון, יוסף אהרונוביץ, אשר ברש, דוד שמעוני, דוד ילין, יהודה בורלא, משה סמילנסקי ואחרים.
הבניין, שהפך להיות מוקד ספרותי ובית מפגש לקבוצת הסופרים העבריים שהתוו את ראשית התרבות העברית החדשה, נקרא בפי כל: "בית הסופרים". בתקופת מלחמת העולם הראשונה פונה הבניין מיושביו ומאז לא חזר לגדולתו הספרותית. בשנים מאוחרות יותר תפקד הבניין כמקום מגוריהם של משפחות שונות וסבל מהזנחה והרס רב עד שננטש בשנות השישים.
בשנת 1992 נבחר "בית הסופרים" ההיסטורי כבניין לשימור והחל השיפוץ ביוזמת קרן דורון (ריץ') לחינוך, תרבות ורווחה, עיריית תל אביב, באמצעות קרן תל אביב לפיתוח ובסיוע תרומתם של איירין ומוריי פרגמנט, לזכר בתם, שרי פרגמנט-קופל. ביוזמת משפחת גוטמן, שהעמידה את עיזבון האמן לטובת הציבור, העמותה ע"ש נחום גוטמן ותמיכת הנהלת הבנק הבינלאומי הראשון הוחלט בעיריית תל אביב לייחד את "בית הסופרים" הישן ברחוב רוקח 21 ליצירתו של האמן.
מוזיאון נחום גוטמן לאמנות נתמך על ידי עיריית תל אביב יפו, מינהל התרבות של משרד החינוך התרבות והספורט ותורמים פרטיים.
בראשית שנת 2008 אמור להיפתח בניין נוסף שיכפיל את שטח המוזיאון ויוסיף לו סדנאות עבודה לילדים, חנות ספרים ומתנות, אולם להרצאות וחללי תצוגה נוספים.
