יותר מ-80 שנה עמד מבנה המזגגה שומם ועזוב בלב הקבוץ המתפתח סביבו. בשנת 1980 החלו ארכיאולוגים תת-ימיים לחפור ולסקור את קרקעית מפרצי דור ובמקביל משלחת מהאוניברסיטה העברית בירושלים החלה בחפירות יבשתיות בתל דור. חדרי המזגגה שופצו ע"י חברי נחשולים והפכו לחדרי עבודה ואחסון לחופרים ולצוללנים. במהלך השנים, עם גילויים של פריטים רבים ונדירים והצגתם בחללי המבנה, הפכה המזגגה למוזיאון המוכר ע"י הרשויות. כיום במזגגה תצוגת קבע של מאות ממצאים ארכיאולוגיים, תוך שימת דגש על הרבגוניות התרבותית, הדתית והחומרית שהתקיימה בעיר דור העתיקה, המשתקפים ממוצגים אלו. כמו כן הוקם לאחרונה אגף המנציח את סיפור המזגגה כבית חרושת לבקבוקי זכוכית בבעלות הברון רוטשילד ובניהולו של מאיר דיזנגוף, נוספה תצוגת קבע של כלי זכוכית עתיקים ופסיפס נדיר, ואולם לתערוכות מתחלפות המציגות אומנות זכוכית עכשווית. בחצר המזגגה ובגן שמסביב מוצגים פריטים ארכיטקטוניים, עוגנים ומתקנים חקלאיים קדומים, מלווים בשילוט הומוריסטי.
